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个人简介

me

专业：生物信息学
毕业院校：湖南农业大学
姓名：许详阳
英语水平：CET-6
邮箱：xy_xu@foxmail.com

个人技能

  • 熟悉NGS，PacBio，BioNano测序技术及相关原理
  • 熟悉NCBI，EMBL，UCSC等常用生物信息学数据库
  • 熟悉基因组Denovo，WGS/WES，CNV，RNA-Seq等数据分析
  • 熟悉Linux系统，熟练使用SGE、HPC等高性能集群和阿里云，谷歌云等云计算服务
  • 熟练使用Shell，Perl，Python，R等脚本语言
  • 熟悉SVG、HTML，CSS，JS前端编程语言，了解C，Java，SQL等编程语言
  • 熟练使用GitHub分布式文件管理系统，个人开源代码库（github.com/samson-xu）
  • 熟练使用Docker封装流程与软件

工作经历

2013.04-2013.10      中科院计算所实习（生信助理工程师）
2013.12-2016.07      华大基因科技服务有限公司（生信中级工程师）
2016.08-2018.04      深圳市乐土精准医疗科技有限公司（生信主管）
2018.05-2019.05      深圳市中科普瑞基因科技有限公司（生信主管）
2019.06-至今        人和未来生物科技（长沙）有限公司（生信高级工程师）

项目经验

2019.06-至今，人和未来生物科技（长沙）有限公司

  1. NGS下机数据质控、过滤、比对自动化流程（ngs_dpp）及其Docker镜像封装；
  2. MTdna变异检测流程（mtdna）及其Docker镜像封装，流程充分考虑了线粒体环状基因组结构，异质性及高深度测序等特性；
  3. WGS/WES变异检测流程（wgs）及其Docker镜像封装，支持并行检测SNP/Indel/Fusion/SV/CNV，30分钟完成100X WES检测及其统计，10小时内完成30X WGS检测及其统计，统计程序从头开发效率倍增，CNV可视化程序有效提高CNV判读准确性；
  4. 药物基因组图谱构建，基于20万例样品NGS测序数据，构建中国人群药物基因组数据库，数据分析基于阿里云批量计算，数据存储于阿里云对象存储；
  5. 多组学信息分析系统负责人，设计，构建DNA、RNA、微生物、蛋白质组学信息分析流程及相应的整合分析；
  6. 主持首届人和未来生物信息学培训班，担任大部分课程的讲师；

2018.05-2019.05，深圳市中科普瑞基因科技有限公司

  1. 生物信息分析平台搭建、维护，常用数据库、软件安装调试；
  2. 消费型基因产品开发，数据处理，以及相应数据库建立；
  3. 基因产品自动化报告系统开发、维护；
  4. 生物信息学软件开发及相应著作权的申请；
  5. 机器学习、深度学习在生物数据分析中的探索；

2016.08-2018.04，深圳市乐土精准医疗科技有限公司

  1. 超算资源调研（深圳超算、广州超算），包括：硬件配置、软件资源、任务调度方式、集群测试等；
  2. 常用生物信息分析工具安装调试，如BWA，Samtools，Picard，GATK，ANNOVAR，SnpEff，bedtools等；
  3. 全基因组（WGS），全外（WES）信息分析流程开发；
  4. 广州超算并行任务投递系统开发；
  5. NIPT、UPD、CNV信息分析算法开发；
  6. MassARRAY测序数据自动化分析程序开发；
  7. 集群规划、建设、部署和日常运维；
  8. 自动化报告程序开发，个人技术博客搭建（blog.xyxu.top）；
  9. 基于VirtualBox，搭建本地Hadoop完全分布式集群；

2013.12-2016.07，华大基因科技服务有限公司

  1. 中小型商业项目的分析交付，如高体鰤组装，拟南芥重测序，以及一些微生物的RNA-ref， RNA-denovo等项目；
  2. 负责牡丹WGS组装，牡丹基因组约12G，组装所需资源异常庞大，通过数据处理，软件优化，降低内存，如期完成组装；
  3. 负责中华按蚊、椰子基因组注释，包括重复序列，基因，ncRNA，基因功能注释等；
  4. 负责石榴基因组进化，以及部分个性化分析；
  5. 负责白桦基因组circos绘图；
  6. Pan genomics信息分析流程开发；
  7. 任务实时监控程序开发，超内存，计算节点死机，任务完成等情况都会实时邮件反馈；
  8. R语言绘制，AI编辑学术文章所需各种图表；
  9. Perl开发各种文件转换程序，gtf2gff，bed2vcf， gff2vcf等；

2013.04-2013.10，中科院计算所

  1. 熟悉Linux常用命令，熟练使用awk，sed，grep等常用文本处理工具；
  2. 熟练使用perl处理NGS测序数据；
  3. miRNA信息分析及结题报告撰写；
  4. 熟练使用R语言制作统计图表；

软著

  1. 乐土基因生信快捷分析工具软件（登记号：2017SR099652）
  2. 乐土基因分析报告信息化系统（登记号：2017SR099298）
  3. 乐土基因肿瘤自动化报告系统（登记号：2017SR312736）
  4. 线粒体突变检测软件（登记号：2019SR1375128）
  5. CNV可视化判读软件（登记号：2019SR1395562）

专利

  1. 唾液采集装置（专利号：201621455146）
  2. 基于表型分析的眼部生理信息的基因组分析方法和装置（公开号：CN108629148A）

文章

  1. Qin, G., Xu, C., Ming, R., Tang, H., Guyot, R., Kramer, E., Hu, Y., Yi, X., Qi, Y., Xu, X., Gao, Z., Pan, H., Jian, J., Tian, Y., Yue, Z. and Xu, Y. (2017). The pomegranate (Punica granatum L.) genome and the genomics of punicalagin biosynthesis. The Plant Journal.
  2. Harkess, A., Zhou, J., Xu, C., Bowers, J., Van der Hulst, R., Ayyampalayam, S., Mercati, F., Riccardi, P., McKain, M., Kakrana, A., Tang, H., Ray, J., Groenendijk, J., Arikit, S., Mathioni, S., Nakano, M., Shan, H., Telgmann-Rauber, A., Kanno, A., Yue, Z., Chen, H., Li, W., Chen, Y., Xu, X., Zhang, Y., Luo, S., Chen, H., Gao, J., Mao, Z., Pires, J., Luo, M., Kudrna, D., Wing, R., Meyers, B., Yi, K., Kong, H., Lavrijsen, P., Sunseri, F., Falavigna, A., Ye, Y., Leebens-Mack, J. and Chen, G. (2017). The asparagus genome sheds light on the origin and evolution of a young Y chromosome. Nature Communications, 8(1).
  3. 杨传春, 张洋, 许详阳, et al. 通过高通量全基因组测序技术精确判断平衡易位断点[J]. 中国优生与遗传杂志, 2018, v.26(05):2+18-20+56.